国税調査を行うのは国税調査官です。
調査官の所属は各地方の国税局調査査察部・調査部及び国税庁調査査察部になります。
上記からも分かるように、国税調査というのは査察、つまり脱税摘発と深い関係にあるようです。
査察が強制調査なら、国税調査は任意調査に該当するようです。強制か任意かという違いはありますが、両者の共通点は「適正課税のための調査」ですね。
国税調査とは、調査官が調査対象へ出向き、そこで帳簿類の任意提出を受けてそれを調査し・担当者に質問し、申告洩れや不審な点がないか調査することです。
よく新聞やニュースでＡ企業が「国税局から○○億円の申告漏れを指摘され修正申告した」などという記事みみにしますが、まさしくこれが国税調査が行われ、国税当局が申告漏れ指摘をしたという事になります。